Dependiendo del cuadro del paciente se pueden recetar preparados tópicos, sistémicos o ambos.
El tratamiento tópico debe aplicarse en todas las zonas de piel que puedan tener lesiones, no sólo en las zonas que las presentan. Los preparados, que se utilizan con mayor frecuencia, son el peróxido de benzoilo, el ácido azelaico, los alfa-hidroxiácidos, los antibióticos y los retinoides tópicos.

En cuanto al tratamiento sistémico, se utiliza en las formas intensas, inflamatorias o graves. Se emplean fundamentalmente los antibióticos orales, la isotretinoína y los anticonceptivos orales.

El tratamiento se instaura cuando el paciente acude a consulta, sin esperar a que aparezcan lesiones más graves. Debe ser adaptado a las lesiones, su tipo y extensión. Hay que recordar al paciente que puede tener brotes pese a estar bajo tratamiento, y apoyarlo para que sea perseverante con el mismo. Es preciso que el paciente se haga a la idea de que dicho tratamiento puede durar años y que pueden pasar un par de meses antes de notar algún efecto terapéutico.

En el tratamiento no se debe usar un solo fármaco, sino dos o tres como mínimo. Es importante establecer controles periódicos para evaluar la evolución de las lesiones y determinar el grado de cumplimiento terapéutico, reforzando al paciente si fuera necesario.

Para la resolución de las cicatrices existen diversos tratamientos médicos, como la dermoabrasión, el peeling, la electrocirugía y el láser, que pueden elevar las cicatrices. En ocasiones se utiliza el colágeno u otras sustancias de relleno para elevar las cicatrices, aunque el aspecto global final puede ser bastante diverso.

Es fundamental que el paciente y sus padres conozcan perfectamente la pauta de administración de los tratamientos tópicos o sistémicos, para evitar en lo posible irritaciones u otras lesiones.

Esto es especialmente importante en el caso de la isotretinoína por vía oral,que es un medicamento de gran eficacia, pero que exige pautas de actuación muy estrictas y la prescripción y el control de un dermatólogo con experiencia.

El paciente debe evitar cuidadosamente la exposición al sol durante el tratamiento y seis meses después del mismo, realizar un control analítico previo y el seguimiento de las cifras de triglicéridos y de enzimas hepáticas. La isotretinoína puede producir gran sequedad de la piel y de los labios, que requieren la aplicación de cremas hidratantes y de protectores labiales adecuados.

El peróxido de benzoilo tópico es uno de los más frecuentes, indicado sobre todo en las lesiones inflamatorias, asociado o no a un antibiótico tópico. Es importante informar al paciente sobre las condiciones de utilización, de modo que no se produzca irritación de la piel.